Contenute quantità di metano confluiscono sempre nel flusso di scarico e, se il processo non viene gestito correttamente, tali perdite di metano possono essere di entità persino maggiori rispetto a quelle di un motore per la cogenerazione di calore ed energia. Se oltre il 2% del metano in entrata finisse nell'atmosfera, le emissioni di gas serra sarebbero le medesime o peggiori delle emissioni di CO₂ derivanti da combustibili fossili. Infatti, i limiti di emissione per il metano sono solitamente ancora più severi. Senza l'impiego di un ossidatore termico rigenerativo (RTO) o altre soluzioni per l'eliminazione del metano, il gas di scarico è generalmente costituito per oltre il 95% da CO₂, ~ 1% CH₄, e la restante percentuale è solitamente composta da azoto e tracce di ossigeno e vapore acqueo.

Le emissioni di CH₄ possono essere ridotte regolando attentamente il processo di upgrading con il monitoraggio del processo in linea e l'MGP262 rappresenta la soluzione ideale. Se si utilizza l'ossidazione termica rigenerativa (RTO) per ridurre ulteriormente le emissioni di metano, sarà utile una misura del metano in linea prima dell'RTO. In definitiva, quindi, se non si porrà attenzione alle emissioni di CH₄ nel gas di scarico, si andrà incontro a perdite economiche e danni all'ambiente.